Почему нет опции " Менеджер файлов " в ISPmanager под root?

Из соображений безопасности, по умолчанию в панели управления ISPmanager файловый менеджер для root-пользователя отключен. То есть, каждый пользователь сам распоряжается файлами своего домена. Если Вам все-таки необходимо использовать файловый менеджер - можете использовать следующие два варианта:

1) Создайте нового дополнительного пользователя для работы с файлами. В разделе Пользователи нажмите Создать и предоставьте новому пользователю соответствующие права. После того как Вы войдете в панель под этим пользователем, сможете работать с файловым менеджером.

2) Включите доступ пользователя root к менеджеру файлов. Внимание! Использовать данную опцию рекомендуется только опытным администраторам!

Под root во вкладке Доступ к модулям выберите модуль Менеджер файлов. Установите значение Разрешён всем. 

Если у Вас остались вопросы - создайте тикет в техподдержку.