Почему нет опции "Менеджер файлов" в ISPmanager под root?
Из соображений безопасности, по умолчанию в панели управления ISPmanager файловый менеджер для root-пользователя отключен. То есть, каждый пользователь единолично распоряжается файлами своего домена. Если Вам все-таки необходимо использовать файловый менеджер - можете использовать следующие два варианта:
1) Создайте нового дополнительного пользователя для работы с файлами. В разделе Пользователи нажмите Создать и предоставьте новому пользователю соответствующие права. После того как Вы войдете в панель под этим пользователем, сможет работать с файловым менеджером.
2) Включите доступ пользователя root к менеджеру файлов.
Внимание! Использовать данную опцию рекомендуется только опытным администраторам!
Под root во вкладке Доступ к модулям выберите модуль Менеджер файлов. Установите значение Разрешён всем.
Если у Вас остались вопросы - создайте тикет в техподдержку.